Cîteaux – Commentarii cistercienses wurde in den späten 1940er Jahren als Resultat zweier Projekte in den Niederlanden gegründet: dem Bestreben eine allgemeine Geschichte des Mönchtums in den Niederlanden vorzulegen sowie der Gründung einer „Kommission für die Geschichte des Zisterzienserordens“ durch den Zisterzienserorden von der Strengen Observanz auf dem Generalkapitel 1947.

Beide Projekte waren bemüht übergreifende Arbeiten anzubieten, und beide sahen sich genötigt, ihre ehrgeizigen Bestrebungen einzuschränken. 1949 wurde ein internes Mitteilungsblatt, Cîteaux in de Nederlanden, ins Leben gerufen; zugleich wurde für die Arbeitsgemeinschaft der Historiker durch die Gründung eines Gremiums, das sich regelmäßig traf und die jährlichen Forschungsschwerpunkte festlegte, eine solidere Grundlage geschaffen. Unter dem Einfluss von Pater Roger de Ganck aus der Abtei Westmalle und Pater Edmond Mikkers aus der Abtei Achel wurde dieses vervielfältigte Mitteilungsblatt 1951 in eine gedruckte Zeitschrift umgewandelt. Unter dem Titel Cîteaux – Commentarii cistercienses wurde der Blickwinkel 1959 durch die Aufnahme von Artikeln in Französisch, Englisch, Deutsch sowie Niederländisch erweitert.

In den folgenden Jahren erlangte Cîteaux internationale Reputation und wurde in wissenschaftlichen Kreisen für die Qualität seiner Forschungsarbeiten bekannt, die maßgeblich durch den Herausgeber, Pater Edmond Mikkers (… 1993) geprägt wurde.

Als neuer Chefredakteur übernahm Bruder Jean-François Holthof aus der Abtei Cîteaux 1986 die Leitung der Zeitschrift. Ein Redaktionsausschuss sowohl aus akademischen wie auch monastischen Historikern erweiterte den wissenschaftlichen und historischen Horizont und gab darüber hinaus sieben Jahre lang das Bulletin d’Histoire Cistercienne heraus.

Seit 1993 wird Cîteaux von der gegenwärtigen Chefredakteurin Dr. Terryl N. Kinder und einem wissenschaftlichen Team geleitet, das den Redaktionsausschuss bildet. Unter der Leitung von Dr. Kinder wurde Cîteaux von einer Zeitschrift, die gelegentlich handschriftliche Manuskripte erhielt, schrittweise in eine in allen Produktionsbereichen digitalisierte Zeitschrift umgewandelt.